Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 roku o finansach publicznych na nowo określiła zasady kontroli zarządczej i audytu wewnętrznego
oraz koordynacji kontroli zarządczej i audytu wewnętrznego w jednostkach sektora finansów publicznych (wchodzi w życie z dniem 1 stycznia 2010 r., z wyjątkiem art. 40 ust. 3 pkt 2 (ewidencji wykonania budżetu w układzie zadaniowym), art. 41 ust. 4 i art. 142 pkt 11, które wchodzą w życie z dniem 1 stycznia 2012 r. oraz art. 174 pkt 2 i art. 175 ust. 1 pkt 4, które wchodzą w życie z dniem 1 stycznia 2013 r. Przede wszystkim, aby usunąć dotychczasowe nieporozumienia, wprowadzono pojęcie kontroli zarządczej w jednostkach sektora finansów publicznych w miejsce obecnego terminu - kontrola finansowa. W uzasadnieniu podniesiono, że dotychczasowa praktyka związana z funkcjonowaniem w przepisach pojęcia kontroli finansowej pokazała, iż jest ona utożsamiana wyłącznie z czysto finansowym aspektem działalności jednostki. Obecna ustawa objęła zakresem kontroli zarządczej wszystkie aspekty działalności jednostki, z zaznaczeniem, że kontrola stanowi instrument zarządzania jednostką. Podstawowym elementem kontroli zarządczej w administracji jest odpowiedzialność każdego kierownika jednostki za wdrożenie i monitorowanie takich elementów kontroli zarządczej, aby jednostka osiągała wyznaczone jej cele w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Według ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 roku (art.68), kontrolę zarządczą w jednostkach sektora finansów publicznych stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności: zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi; skuteczności i efektywności działania; wiarygodności sprawozdań; ochrony zasobów; przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania; efektywności i skuteczności przepływu informacji; zarządzania ryzykiem.
Zapewnienie funkcjonowania adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej należy do obowiązków: wójta, burmistrza, prezydenta miasta, przewodniczącego zarządu jednostki samorządu terytorialnego i kierownika jednostki organizacyjnej (art. 69).
Do zadań Ministra Finansów w zakresie koordynacji kontroli zarządczej w jednostkach sektora finansów publicznych należy m.in. upowszechnianie standardów kontroli zarządczej zgodnych z międzynarodowymi standardami oraz opracowanie wytycznych (Art. 71).
Dla dokonania oceny adekwatności, skuteczności i efektywności kontroli zarządczej prowadzi się audyt wewnętrzny będący działalnością niezależną i obiektywną, której celem jest wspieranie kierownika jednostki w realizacji celów i zadań przez systematyczną ocenę kontroli zarządczej oraz czynności doradcze (art.272). Audyt wewnętrzny prowadzi się w jednostkach samorządu terytorialnego, jeżeli ujęta w uchwale budżetowej jednostki samorządu terytorialnego kwota dochodów i przychodów lub kwota wydatków i rozchodów przekroczyła wysokość 40.000 tys. zł (art.274 ust.3) oraz w jednostkach sektora finansów publicznych, których kierownicy podejmą decyzję o prowadzeniu audytu wewnętrznego (ust.4). Komórkę audytu wewnętrznego tworzy się w urzędzie jednostki samorządu terytorialnego (art.277 ust.1). W jednostkach samorządu terytorialnego audyt wewnętrzny może być prowadzony przez usługodawcę, jeżeli ujęta w uchwale budżetowej jednostki samorządu terytorialnego kwota dochodów i przychodów oraz kwota wydatków i rozchodów jest niższa niż 100.000 tys. zł (art.278 ust.3). Kierownik komórki audytu wewnętrznego podlega bezpośrednio kierownikowi jednostki (art.280). Do przeprowadzania audytu wewnętrznego w jednostce samorządu terytorialnego, w tym w jej jednostkach organizacyjnych, audytora wewnętrznego zatrudnionego w urzędzie jednostki samorządu terytorialnego upoważnia odpowiednio: wójt, burmistrz, prezydent miasta, przewodniczący zarządu jednostki samorządu terytorialnego (art.287).