System Aleph składa się z modułów: gromadzenia, opracowania, obsługi wydawnictw ciągłych, katalogu online, modułu wypożyczeń
międzybibliotecznych – rzadko stosowanego, ze względu na dużą złożoność i trudności z adaptacją do warunków krajowych, udostępniania – poprzez który realizowana jest obsługa czytelników.
Zarządzanie systemem jest realizowane poprzez moduł administracyjny. Wobec faktu, że instrukcje zawarte w normie dla katalogowania w MARC21 mają formę zaleceń, a nie obligatoryjnych zarządzeń, z poziomu administracji bazą możliwa jest zmiana nazw pól.
Zadania administracyjne skupiają się na bezpośrednim zarządzaniu bazą i modyfikacjach dokonywanych w tablicach.
Zestawienia statystyczne, dotyczące ruchu zbiorów, czytelników etc. tworzone są z poziomu systemu – informacje pobierane są z serwera i wyświetlane w formie tabel bądź w prezentowane graficznie – jako wykresy. Zestawienia te umożliwiają też dokonywanie selekcji księgozbioru.
Zawartość informacyjna raportów generowanych przez system określana jest na podstawie kwerend, formułowanych w języku relacyjnych baz danych SQL. Zapytania informacyjne formułowane są przez informatyków (ze względu na wysoki stopień złożoności składni języka formalnego, jakim jest SQL).
Zaimplementowana obsługa protokołu Z39.50 umożliwia importowanie opisów bibliograficznych z różnych baz. Dane inwentarzowe – są dodawane po pobraniu opisu.
Wydawnictwa ciągłe opracowywane są analogicznie do zwartych. Specyficznego opracowania wymagają dodatki do poszczególnych numerów czasopism.
Akcesję kolejnych numerów danego czasopisma jest znacząco uproszczona ze względu na stosowanie schematu publikacji.