Po tych doświadczeniach następuje dla Iňigo bardzo trudny i ciężki czas, określany często w duchowości nocą albo pustynią.
Trapią go powracające, pomimo licznych spowiedzi, skrupuły. Czuje się bardzo udręczony i nie pomagają mu rozmowy z duchownymi, ani wielogodzinne modlitwy. Nawet polecenie spowiednika, aby się nie spowiadał więcej z rzeczy przeszłych, chyba że przypomniane grzechy są oczywiste i klarowne, nie zdało rezultatu, ponieważ Ignacemu każdy grzech przedstawiał się właśnie bardzo jasno i wyraźnie. Wreszcie do dotychczasowych utrapień dołożono mu jeszcze jedno: pokusę samobójstwa. To nachodzące ponaglenie, aby się rzucić w dół przez otwór w pokoju, obok miejsca jego modlitwy, udało mu się zwalczyć, gdyż wiedział, że targnięcie się na własne życie obraża Pana Jezusa. Przypomniał sobie jednak przeczytaną w czasie choroby historię świętego, który pościł tak długo, aż Bóg spełnił jego prośbę i po dłuższych rozważaniach postanowił uczynić to samo. Zdecydował się nie jeść i nie pić tak długo, aż Chrystus mu pomoże, albo jak poczuje bliską śmierć. Ostateczna decyzja zapadła po niedzielnej Eucharystii i Komunii świętej i od razu pielgrzym wprowadził ją w życie. Przez cały tydzień przestrzegał rygorystycznie tego postu, nie zmieniając jednak nic w swoim dotychczasowym rozkładzie dnia. Po tygodniu przyszła pora na niedzielną spowiedź i Loyola swoim zwyczajem opowiada szczegółowo spowiednikowi o swoim życiu duchowym i cielesnym. Ten nakazuje mu natychmiast przerwać post i Ignacy spełnia to polecenie. Przez dwa dni czuje się wolny od skrupułów lecz we wtorek podczas modlitwy uderza go z wielką mocą nowa ich fala. Zaczynają mu się przedstawiać kolejno jego wszystkie przeszłe grzechy, więc uważał że trzeba się z nich wyspowiadać na nowo. Jednakże pod koniec tego rachunku sumienia, odczuł wielkie obrzydzenie do tego wszystkiego co kiedyś się w jego życiu działo a w sercu pojawiło się silne pragnienie porzucenia tej całej przeszłej marności i grzeszności. Pan Bóg w swoim miłosierdziu podźwignął w tym momencie udręczonego Iňigo, a ten dzięki posiadanej już umiejętności rozeznawania duchów analizuje swoje ostatnie doświadczenia i pełen pewności postanawia już nigdy nie spowiadać się z rzeczy minionych. Pan uwolnił go ostatecznie od skrupułów szykując dla niego nowe doświadczenia<1>.
Ten drugi okres manreski był Ignacemu bardzo potrzebny. Pan przeprowadził go przez wiele udręczeń i mąk po to, by wypalić wszystko to co trzymało go przy marnościach tego świata. Dzięki poznanemu doświadczeniu i nabytych w duchowej walce umiejętnościach, Loyola w będzie mógł już wkrótce spełniać Boże posłannictwo w zakresie kierownictwa duchowego. To oczyszczenie było ponadto tak dogłębne, że dotknęło wszystkich sfer i władz właściwych człowiekowi. Dzięki tak gruntownej odnowie, Ignacy będzie mógł już bez większych barier i przeszkód otwierać się na działanie kochającego Boga<2>.
Trzeci okres pobytu w Manresie to dla pielgrzyma okres intensywnych doświadczeń mistycznych. Bóg jakby zbudził go na nowo do życia w nowej rzeczywistości, udzielając ponadto ćwiczeń duchowych. Dla Ignacego to całkiem nowy czas, nowa wiosna życia<3>.
W tym też czasie Loyola rozwijał swoje nabożeństwo do Trójcy Świętej, a że modlił się swoim zwyczajem przez długie godziny i różnorodnymi aktami, wśród swoich formuł wyróżnił osobne dla każdej z Osób Trójcy Świętej, oraz te skierowane do Boga Trójjedynego. To go zastanawiało, ale też nie poświęcał temu zagadnieniu zbyt wiele czasu. Bóg jednak szczodrze obdarowywał go łaskami i tak jak kiedyś w nabożeństwie do Najświętszej Panienki, dopuszczone mu było obcować z nią w widzeniach, tak teraz Trójca Święta w miłości objawiła mu się symbolicznie. Otóż kiedy modlił się oficjum o Maryi na schodach klasztoru, ujrzał Trójcę Świętą pod postacią trzech klawiszy organów, a ogarnęła go wtedy taka moc ducha, że aż do obiadu nie potrafił powstrzymać łez i przez cały dzień nie umiał mówić o niczym innym, jak o Przenajświętszej Trójcy<4>.
Kolejnym widzeniem, którego miał szczęście doświadczyć Iňigo była wizja aktu stworzenia świata. Ogarnęła go przy tym ogromna radość. Widział coś białego, z czego tryskały promienie, i z których Bóg uczynił światłość. Jednakże było to coś tak nadzwyczajnego, że młody mistyk nie potrafił tego ująć w słowa.<5>
Innym razem, w trakcie Eucharystii podczas podniesienia Ciała Pańskiego, widział białe promienie wychodzące z niego i skierowane ku górze. Miał też przy tym niezbitą pewność, że Jezus Chrystus jest realnie obecny w tym Najświętszym Sakramencie. Wiele razy też doświadczał widzenia czegoś, co określał człowieczeństwem Jezusa Chrystusa. Widział to na nieokreślony kształt koloru białego, bez członków. Podobnie widywał Najświętszą Panienkę. Pan zaś taką wlewał mu pewność tych mistycznych doświadczeń, że Ignacy stwierdził, iż nawet bez Pisma Świętego, on by wierzył, nawet więcej – on po prostu by wiedział, bo widział Boga i te wszystkie rzeczy święte<6>.
Wreszcie doznaje Loyola prawdopodobnie najbardziej dogłębnego i mistycznego doświadczenia. Sam pod koniec życia uważa, iż w ciągu sześćdziesięciu dwóch lat nie przeżył niczego, co mogłoby dorównać temu wydarzeniu. Kiedy bowiem szedł do oddalonego od Manresy kościoła, prawdopodobnie pod wezwaniem św. Pawła Pustelnika, doświadczył szczególnej łaski nad rzeką Cardoner. Pan otworzył jego umysł i wlał wiedzę i rozumienie wielu spraw związanych z duchowością, wiarą i sprawami ziemskimi. Wszystko działo się z taką mocą i światłością, że zdawało mu się, iż jest już całkiem nowym człowiekiem. Zaraz też po tym ukląkł przed pobliskim krzyżem i dziękował Stwórcy za tak wielki dar. Wówczas ponownie przystąpił do niego szatan w wizji jakby węża z mnóstwem oczu, ale Ignacy już nie miał żadnych wątpliwości co do niego i odrzucił go wówczas, jak i wielokrotnie później<7>.
<1> OP, 22-25.
<2> SH, 44-45.
<3> Zob. H. Rahner, Geneza..., dz. cyt., 641.
<4> OP, 28.
<5> OP, 29.
<6> Tamże.
<7> Tamże, 30-31.