Odtąd młody Loyola cały czas spędzany z rodziną poświęcał na rozmowy o Bogu i rzeczach świętych. Począł robić notatki z refleksji
nad lekturami i własnymi doświadczeniami. Dużo czasu spędzał modląc się. Ogarniał go także wielki zapał do jak najszybszego realizowania projektu związanego z pielgrzymką do Jerozolimy. Po niej w jego planach pojawiała się możliwość wstąpienia do zakonu Kartuzów, aby tam oddać się jeszcze bardziej pokucie i ascezie. Odłożywszy tą sprawę jednak jako odleglejszą, zajął się przygotowaniami do pielgrzymki<1>.
Po odzyskaniu wystarczających sił, Iňigo udaje się do swego dawnego pana do Nawaretty, gdzie odbiera zaległy żołd i spłaca wszelkie długi. Załatwiwszy w ten sposób ziemskie sprawy, może odtąd poświęcić się Bogu poprzez Maryję. Do niej to bowiem ma teraz wielkie nabożeństwo i jej się oddaje. Już w drodze do Nawaretty udał się do sanktuarium maryjnego w Aránzazu, gdzie przez całą noc czuwał i modlił się przed jej obrazem. Teraz udaję się w drogę jej świątyni w Montserrat. Spotyka na niej Maura i razem dyskutują o Maryi i jej dziewictwie. Maur nie był wstanie przyjąć dziewictwa po porodzie, zaś Ignacy nie potrafił go przekonać. Rozjechali się zatem poróżnieni. To tak rozsierdziło młodego pielgrzyma, ponieważ wydawało mu się, iż nie był dostatecznie dobrym obrońcą czci Najświętszej Panienki. Naszła go uciążliwa myśl aby dopędzić ideowego przeciwnika i pomścić bluźnierstwo przeciw czci Maryi zabijając go. Tu obudziło się chwilowo jego dawne usposobienie. Na szczęście Ignacy, nie potrafiący dobrze rozeznać tej sprawy, otwiera się na znaki Boże. Puszcza wolno cugle mulicy na, której podąża od kierunki drogi jaki ona obierze uzależniając sposób dalszego postępowania. Mulica poszła prosto przed siebie, co było dla Loyoli znakiem, że ma Maura zostawić w spokoju i jechać dalej. W tym miejscu J. Brodrick żartobliwie dopowiada, iż mulica ta z pewnością była blisko spokrewniona z biblijną oślicą Balaama, gdyż wykazała się dużo większą roztropnością od swego pana. Zdarzenie to wskazuje zarówno na wielką żarliwość , jak również wielką niedojrzałość w pobożności Ignacego na tym etapie życia<2>.
Po przybyciu do Monsserat nawiązał kontakt ze spowiednikiem, przed którym odbył następnie spowiedź generalną z całego dotychczasowego życia. Przygotowywał się do niej pisemnie przez trzy dni. Był to pierwszy człowiek, przed którym Ignacy wyjawił swoje zamierzenie pielgrzymowania do Ziemi Świętej. Pod jego opieką pozostawił Loyola mulicę, zaś miecz i sztylet zawiesił przed ołtarzem Najświętszej Maryi Panny w kościele. Nocą w wigilię Zwiastowania NMP roku 1522 odnajduje pierwszego lepszego żebraka i przekazuje mu swoje odzienie, samemu nakładając przygotowany wcześniej strój pielgrzymi i kostur. Następnie spędził noc czuwając przy ołtarzu NMP i udał się w dalszą drogę – pielgrzymią drogę do Jerozolimy. Unikając głównego traktu, skierował się w stronę Manresy, gdzie chciał spędzić kilka dni w celu spokojnego dopisania ważnych treści do swej książki. Bardzo szybko stał się przedmiotem plotek i towarzyskich rozmów w tym niewielkim miasteczku, ponieważ wyróżniał się znacznie swoim sposobem życia, a ponadto docierały wieści o nim od ludzi z Montserrat<3>.
Pobyt w Manresie zamiast planowanych kilku dni przedłuża się aż do jedenastu miesięcy. T. Kotlewski wyróżnia w tym czasie trzy okresy, związane ze szczególnym doświadczaniem życia duchowego: czas pokoju, czas nocy duchowej i udręk, czas mistycznych oświeceń<4>.
Na początku życie w Manresie spędzał Ignacy na długich modlitwach, także nocnych. Często korzystał z sakramentów spowiedzi i Eucharystii. Starał się również rozmawiać z osobami duchownymi, dzieląc się duchowymi doświadczeniami. Wkrótce otrzymuje piękne widzenia czegoś na kształt węża z wielką liczbą oczu. To niejasne jawienie dawało mu radość i pociechę. Im częściej doświadczał tego widzenia, czuł się lepiej, a kiedy ono znikało, odczuwał smutek i przykrość. Pocieszenia i poruszenia duchowe ogarniały go często przed snem, odbierając godziny potrzebne na sen. Dość szybko Loyola rozeznaje w tym działanie szatana. Odwraca się od tych doświadczeń, co ponownie napełnia go wewnętrznym spokojem i harmonią. Uczy się poznawać strategię działania złych duchów. Jego wiedza na temat pocieszeń wzbogaca się o klasyfikację na te pochodzące od Boga i jego aniołów, oraz na te pochodzenia od szatana i innych złych duchów. Nowe doświadczenia ubiera w reguły, które zapisuje w Ćwiczeniach duchownych<5>.
<1> OP, 11-12.
<2> Zob. T. Żychniewicz, Ignacy..., dz. cyt., 34-36.
<3> OP, 17-18.
<4> SH, 41.
<5> Tamże, 41-43.