Zanieczyszczenie biosfery metalami ciężkimi przedstawia duży problem dla środowiska i zdrowia ludzkiego. Metody fitoremediacji
(włączajac w to fitoekstrakcję, ryzofiltrację i fitostabilizację) przyciągaja ostatnio spora uwagę. Infekcja mikoryzowa występuje w najbardziej zanieczyszczonych metalami ciężkimi środowiskach, sugerując, iż tolerancja na
metale ciężkie lub inne dobroczynne wpływy można przypisać symbiozie mikoryzowej. Mikoryzy mogą wiązać metale i ograniczać ich przemieszczanie się do pędów, stanowiąc nową drogę fitostabilizacji, chroniąc rośliny przed toksycznością metali ciężkich. Grzyby ektomikoryzowe i endomikoryzowe moga akumulować wysokie zawartości metali ciężkich w swych owocnikach, a akumulacja metali jest różna pomiędzy gatunkami i szczepami. Tolerancja grzybów mikoryzowych na metale cięzkie objawia się poprzez wymianę jonów, formowanie kompleksów, wytrącanie czy krystalizację. Zawartość metali ciężkich w owocnikach grzybów mikoryzowych, gęstość propaguł i infekcyjność mogą być użyte jako bioindykatory zanieczyszczenia gleby.