Po powrocie na ziemię
Tezeusz stwierdził, że sprawy przyjęły niepomyślny dla niego obrót. W czasie, kiedy przebywał uwięziony w państwie Hadesa, bracia Heleny, Kastor i Polideukes (Dioskurowie) wtargnęli do Attyki i zażądali, aby oddano im uprowadzoną siostrę. Kryjówkę
Heleny zdradził
Akademos (
w znajdującym się w pobliżu Aten gaju poświęconym temu herosowi wielki filozof, Platon, założył swoją szkołę, zwaną Akademią). Po odzyskaniu Heleny (przy okazji niejako na zasadzie odwetu, Dioskurowie uprowadzili do niewoli matkę Tezeusza, Ajtrę). Dioskurowie odeszli osadziwszy przedtem na tronie ateńskim przedstawiciela starej dynastii, która niegdyś panowała w Attyce, Menesteusa.
W tak kłopotliwej sytuacji Tezeusz zrezygnował, przynajmniej chwilowo, z prób odzyskania władzy, porzucił także myśl o zemście i udał się na wygnanie.
Burza zapędziła statek Tezeusza na wybrzeża wyspy Skyros.
Władca tej wyspy, Likomedes, przyjął Tezeusza pozornie przyjaźnie i gościnnie, jednak w czasie przechadzki napadł zdradziecko bezbronnego i strącił go ze skały. W ten sposób skończyło się pełne tylu wspaniałych czynów życie Tezeusza (znany jest wariant mitu, iż śmierć Tezeusza nie była przez nikogo zawiniona, a jej przyczyną był zwykły przypadek). Synowie Tezeusza, Akamas i Demofon, zdołali po latach odzyskać tron ojcowski, który opróżnił się po śmierci Menesteusa.
Legenda ateńska głosi, że w czasie decydującej o losach miasta bitwy z Persami rozegranej pod Maratonem w 490 roku p.n.e. Tezeusz stanął w obronie swojej ojczyzny: wielu świadków przysięgało, że po stronie Ateńczyków walczył tajemniczy heros odznaczający się nadludzkim wzrostem.
Kilkadziesiąt lat później wyrocznia delficka kazała Ateńczykom, aby sprowadzili do swego miasta szczątki Tezeusza. Oficjalni wysłannicy przybyli więc na wyspę Skyros i podobno odnaleźli tam wśród wielu cudownych okoliczności grób zawierający szczątki wojownika o niespotykanym wzroście. Rzekome prochy Tezeusza sprowadzono solennie do Aten i po uroczystościach pogrzebowych złożono je we wspaniałym grobowcu. Z grobowcem Tezeusza wiązało się prawo azylu, przyznawane zazwyczaj tylko świątyniom.