część 1
Narratorem jest Adam Niezgódka- uczeń niezwykłej szkoły pana Ambrożego Kleksa. Ten ostatni to osobistość niezmiernie oryginalna. Chłopiec chce o nim wiedzieć coś więcej, dlatego zaprzyjaźnia się z uczonym szpakiem pana Kleksa- Mateuszem, który opowiada mu swoją historię:
był księciem potężnego króla i pięknej księżniczki. Posiadał 4 siostry, żył w olbrzymim przepychu, miał szczególne zamiłowanie do polowań i konnej jazdy, lecz pewnego dnia ojciec zabronił mu jeździć na koniu w obawie o zdrowie syna. Jednak chłopiec wymknął się na rumaku Ali- Babie, jaki przybyłpod jego okno. W czasie przejażdżki został ugryziony przez króla wilków, którego zabił, lecz jego rana również była śmiertelna. Nikt nie potrafił go uzdrowić. Dopiero tajemniczy doktor z Chin o imieniu Paj-Chi-Wo wyleczył ranę, a ponadto ofiarował magiczną czapkę bogdychanów, aby chroniła księcia przed niebezpieczeństwem. Tymczasem wilki zaczęły napadać na ludzkie osiedla i dotarły aż do pałacu, zaś książę wydostał się stamtąd dzięki czapce, która zamieniła go w ptaka. Zgubił się jednak guzik przywracający prawdziwą postać. Chłopiec musiał więc pozostać szpakiem i trafił do pana Kleksa.
Adaś, przejęty nieszczęściem Mateusza, zaczyna szukać guzików, choć pan Kleks uważa, że owa historyjka jest zmyślona.
W swym pamietniku (jakim jest właściwie cała książka) chłopiec pisze o osobliwościach pana Kleksa. Przyjmuje on do akademii tylko tych chłopców, o imieniu na literę A , uwielbia pigułki na porost włosów, posiada flaszkę z zielonympłynem na pamięć (który pije codziennie rano, bo inaczej nic nie pamięta), tabakierkę z piegami (które nakleja sobie na nos, a także odznacza nimi uczniów za wybitne osiągnięcia), powiekszającą pompkę (powiększającą ludzi i przedmioty- również samego pana Kleksa stającego się w nocy maleńkim), senny kwas (zbierajacy z lusterek chłopców ich sny), kolorowe szkiełka i płomyki świec, z jakich można przyrządzać potrawy. W piwnicy trzyma baloniki z koszyczkami na oczy. Wystarczy włożyć jedno oko do koszyczka i wysłać je w określone miejsce, aby wiedzieć, co się tam znajduje. Dzięki temu pan Kleks potrafi naprawić tramwaj i wysyla oko na księżyc.
Tytułowy bohater trzyma znakomitą większość owych osobliwości w ogromnej ilości kieszeni własnego surduta, a jego przysmakiem są motyle.
Nauka i życie w akademii są równie dziwne. Z pryszniców codziennie leci woda z sokiem, chłopcy chodzą w mundurkach, jedzą specjalne sosy w czasie posilków, z jakich każdy ma inne właściwości. Po śniadaniu jest apel, pan Kleks wchodzi do szafy i odbiera od uczniów senne lusterka, zbiera z nich sny, wkłada do porcelanowej miseczki, a najlepsze zamienia w pastylki i daje do połkniecia chłopcom, aby ich sny były z każdym dniem coraz lepsze. Przedmioty, jakich sie tu naucza, to między innymi kleskografia, przędzenie liter, leczenie chorych sprzętów, geografia podobna do gry w piłkę nożną- uczniowie kopią globus i wykrzykują nazwy miast i państw. Globus ten wpada raz do jednej z bajek (bowiem w parku otaczajacym akademię znajdują sie furtki do różnych bajek). Przynoszą go królewna Śnieżka i jej krasnoludki, którzy nastepnie rozpływają sie w gorących promieniach słońca i jakostrumyczek powracają do swojej bajki.
Kolejnym dziwem jest kuchnia pana Kleksa. To tajemnicze pomieszczenie, gdzie chłopcy nie mogą wchodzić. Jednak Adaś zostaje poproszony o pomoc w przygotowaniu obiadu i czuje się z tego niezmiernie dumny. Gotowanie przedstawia się dość niezwykle. Dania przyrządza sie z barwnych szkiełek, proszków, płomyków świec, farb... Pan Kleks wyjaśnia, że wszystkiego, co umie, nauczył go doktor Paj-Chi-Wo.
Po obiedzie chłopcy bawią się w rozległym parku w poszukiwaczy skarbów. Adaś i Artur dostają sie przez przypadek do bajki o Królewnie Żabce, a w skrzynkach znajdują gwizdek przenoszący tam, gdzie się tego pragnie oraz klucz otwierajacy wszystkie zamki. Gdy pan Kleks ogląda skarby wszystkich, uznaje, że przedmioty przyniesione przez Adama i Artura są najcenniejsze.
Następnie, przed wyruszeniem do miasta, Adaś, na polecienie pana Ambrożego, opowiada o swojej przygodzie...