Kanwę powieści stanowią wydarzenia, które miały miejsce w mieście Arras: klęska zarazy i głodu (w 1486 roku) oraz prześladowania Żydów i czarownic (w 1461 roku).
Głównym bohaterem powieści jest narrator, Jan, dworzanin, który przybył do Arras w wieku 20 lat, nie ukończywszy jeszcze żadnej szkoły, nie umiejący pisać, nie znający ogłady. W Gandawie należał do tamtejszej bogatej młodzieży, miał swojego mentora Chastella, przyjaźnił
się biskupem Utrechtu Dawidem, bastardem księcia burgundzkiego Filipa Dobrego. W Arras nie znał nikogo, początkowo cały czas się modlił i pościł. Duchowny Albert, sprawujący nad Arras „rząd dusz”, wziął go pod swoje skrzydła.
W dniu, w którym rozpoczyna się akcja książki Albert przyszedł do Jana i oskarżył go o to, że nie kocha Arras, gdyż chciał je poprzedniej nocy opuścić. Rzeczywiście – Jan miał zamiar wyjechać do Dawida, żeby opowiedzieć mu o wszystkim, co się dzieje w mieście.
Trzy lata wcześniej Arras nawiedziła zaraza. Wszystko zaczęło się od tego, że pewnego dnia sukiennikowi imieniem Gerwazy padł koń. Oskarżył on przed Radą Żyda Celusa o rzucenie przekleństwa na jego domostwo. Oskarżony zapewniał, że tego nie zrobił, ale powiesił się w piwnicy ratusza, gdzie była jego cela, jakoby przyznając się do winy. Wiosną tego roku zaczęło padać bydło, nastąpiły dni deszczowe i chłodne, a potem nagle wyszło słońce i pojawiły się rzesze robactwa. Miasto otoczyła mgła. Zaczęli umierać ludzie. Niemal natychmiast wybuchły pożary, które trawiły między innymi zapasy jedzenia. Do Arras przybył Dawid, który nakazał palić wszelką żywność, której dotknęły ręce ludzi zabitych przez zarazę oraz zamknąć bramy miasta, nie zostawił jednak mieszkańców w potrzebie. Codziennie dostarczał im jedzenie, które sprawiedliwie rozdzielał pan de Saxe. Niestety – okoliczne bandy zaczęły napadać na wozy biskupie i ograbiać je. W Arras zapanował głód. Pewna kobieta zadusiła swoje nowonarodzone dziecko, a potem ugotowała je w osolonej wodzie i zjadła. Rada skazała ją na śmierć przez ścięcie. Albert nie wydał jej na tortury, ale nie pobłogosławił jej przed śmiercią. Pewnego dnia zaraza nagle wygasła. Albert znowu nauczał pokory i bezgrzeszności, zachęcał do postów. Wprowadził do Rady plebs; dzieląc władzę z ludem – zdobył władzę niepodzielną. Żyd Icchak przyszedł po ciało Telusa. Wydano mu je, ale Icchak spłonął na stosie, ponieważ Albert oskarżył Żydów o wybuch zarazy. Jako drugi na stos poszedł czarny jeździec, który chciał na koniu uciec z miasta. Zaczęły się prześladowania Żydów: biczowano ich, palono im domy, mordowano ich.
Pewnej nocy Rada zażądała od Alberta, by wziął w areszt hrabiego de Saxe, najlepiej urodzonego pana w całym mieście, zatwardziałego grzesznika. Włodarz Durance, jego sługa, bronił go przed Radą, w efekcie zginął na stosie. Jan udał się do celi hrabiego i powiedział mu, że jeżeli wyzna swoje winy i okaże skruchę, Rada skaże go tylko na opuszczenie miasta. De Saxe odmówił. Kiedy szedł na miejsce kaźni, wołał, że jest niewinny. Ludzie rzucali w niego kamieniami i błotem. De Saxe dał trzy dukaty mistrzowi, który go przywiązywał do pala, żeby wykonał dobrze robotę. Ten podpalił stos, po czym wbił skazanemu nóż w serce. Dał za to głowę. Arras ogarnęły procesy o czary i herezję. Ponieważ Albert powiedział na kazaniu, że tylko prostaczkowie pójdą do nieba, prosty lud zaczął dokonywać mordu na dobrze urodzonych. Kołodziej Tomasz Kuternoga zabił pana de Vielle, a kiedy nie znalazł u niego żadnych pieniędzy, podpalił jego dom. Piekarz Mehoune oskarżył Jana o to, że nie kocha Arras. Albert obronił go przed stosem, ale Jan został usunięty z Rady. Wtedy zrozumiał, że nie jest bez winy; mógł bronić hrabiego de Saxe. Postanowił udać się do Dawida i powiedzieć mu o tym, co się dzieje w mieście. Wyszedł z domu o północy i udał się do bramy św. Idziego. Tam czekał na niego sługa, który powiedział, że dalej z nim nie pójdzie, bo się boi. Jan ruszył więc sam. Zastanowił go fakt, że brama byłat otwarta, podczas gdy codziennie ją zamykano. Wietrząc podstęp, postanowił wrócić do domu. Na drugi dzień odwiedził go Albert i oskarżył go o to, że nie kocha Arras. Zaufany sługa Jana doniósł na niego duchownemu; to ten nakazał otworzyć bramę. Od śmierci uratowało Jana przybycie biskupa Utrechtu. Umierający Albert bardzo cierpiał, kiedy zrozumiał, że nie udało mu się ulepić Jana na swój obraz i podobieństwo. Dawid odpuścił miastu grzechy i pobłogosławił je. Jan udał się do Rugii i opowiedział tamtejszym mieszkańcom o tym, co przeżył w Arras.
Szczypiorski napisał tą książkę pod wpływem wydarzeń, które miały miejsce w Polsce w 1968 roku – antysemickich wystąpień i prześladowania Żydów. W powieści jest wiele odniesień do tych zajść: brat Albert (główny oskarżyciel Żydów) to przedstawiciel ówczesnych władz, Jan reprezentuje intelektualistów, którzy rozumieją, że dzieje się coś niedobrego, de Saxe to ofiara prześladowań, ofiara komunistów, Mehoume, Gerwazy, kołodziej Tomasz, sukiennik Yvonnet, Piotr z Meyes – to ludzie pochłonięci przez machinę władzy, komuniści, prześladowani Żydzi – to Żydzi w Polsce, Brugia to zagranica, a jej mieszkańcy – emigranci, tacy jak Jan.
Więcej recenzji na temat Msza za miasto Arras