Tomasz Judym, syn lichego szewca, absolwent warszawskiej medycyny, studiuje w Paryżu. W Luwrze spotyka cztery Polki: bogatą
ziemiankę, jej wnuczki, Natalię i Wandę, oraz ich guwernantkę - Joannę Podborską; prowadzi z nimi konwersację na temat sztuki.Warszawa. Tomasz odwiedza swojego brata Wiktora, robotnika ze stalowni. Wspomina swą ciężką drogę do wykształcenia.Spotkanie towarzyskie lekarzy. Judym wygłasza odczyt, w którym opisuje przerażające warunki życia paryskiego lumpenproletariatu oraz nędzę i demoralizację biedoty polskiej. Uważa, że obowiązkiem lekarzy jest walczyć z tym stanem rzeczy przez zorganizowane działanie. Zebrani mają odmienne zdanie na ten temat, swój zawód traktują jako sposób zapewnienia godziwego poziomu życia sobie i swej rodzinie.Judym analizuje swoje odczucia i postępowanie.
Doktor Tomasz bez powodzenia usiłuje rozpocząć prywatną praktykę; dodatkowo Wiktor zostaje aresztowany, więc Judym przyjmuje posadę lekarza w zakładzie leczniczym w Cisach.Podróż do Cisów. Nieznośne zachowanie małego pasażera Dyzia sprawia, że Judym opuszcza pociąg i wynajętą furmanką, a później pieszo dociera do uzdrowiska. Jest pełen zapału i radości.Doktor Tomasz poznaje zakład i jego zarządców. Judym spotyka swoje paryskie znajome.Tomasz podziwia budzącą się do życia przyrodę i marzy o miłości."Dziennik intymny" panny Podborskiej. Joanna zapisuje w nim swe refleksje, uczucia, opinie o znajomych (wspomina koleżankę z studiów, Stanisławę Bozowską), poglądy na różne tematy ("kwestia kobieca"). Dziewczyna jest sierotą, od wczesnych lat życia zarabia na utrzymanie swoje i studiującego brata Henryka. Boleśnie przeżywa wiadomość o śmierci na zesłaniu drugiego brata, Wacława. Wychowana na romantycznej literaturze i pozytywistycznym kulcie pracy, wrażliwa na ludzką krzywdę.Lato. Judym próbuje flirtować z Natalią. Urządza, ku niezadowoleniu kierownictwa, szpital dla biednych. We wrześniu w czworakach położonych blisko stawów wybucha malaria. Propozycja przeniesienia czworaków w suchsze miejsce zostaje odrzucona.Zima. Judym prosi komisję rewizyjną o osuszenie Cisów w celu uzdrowienia ich mikroklimatu albo wprowadzenie do ogłoszeń reklamujących zakład informacji o wilgotności okolicy. Kierownictwo uniemożliwia realizację zamierzeń.Wiktor Judym, dzięki pieniądzom brata, opuszcza kraj.Wiosna. Doktor Tomasz w drodze do pacjentów na wsi spotyka Joannę, powracającą z poszukiwań Natalii, która uciekła z potajemnie poślubionym Karbowskim. Mężczyzna uświadamia sobie, że to Joanna jest kobietą jego życia.Czerwiec. Żona Wiktora jedzie z dziećmi do Szwajcarii, gdzie obecnie mieszka jej mąż. Gdy tam dociera, dowiaduje się, że to nie koniec podróży. Dalszy etap to Ameryka.Zakochany Tomasz przeżywa miłosne niepokoje i uniesienia. Wyznaje Joannie swą miłość i dowiaduje się, że jest kochany.Administrator, Krzywosąd Chobrzański, nie zdążył przed przyjazdem kuracjuszy oczyścić stawu, więc spuszcza szlam do rzeki, z której czerpią wodę okoliczne wioski. Judym usiłuje protestować, gdy nikt na to nie reaguje, doprowadzony do furii, wrzuca Chobrzańskiego do stawu.Doktor Tomasz zostaje zwolniony z pracy, wyjeżdża więc do Warszawy. Na stacji przesiadkowej spotyka poznanego w Paryżu inżyniera Korzeckiego. Za jego namową jedzie do Sosnowca.Judym mieszka u Korzeckiego, zwiedza kopalnię, w której zatrudniony jest jego gospodarz. Jest przerażony warunkami pracy górników i koni.Wizyta u dyrektora kopalni i filozoficzna dyskusja na temat szczęścia jednostki. Judym jedzie do pani Daszkowskiej chorej na gruźlicę. Bardzo przeżywa jej tragiczną sytuację.Tomasz otrzymuje posadę lekarza fabrycznego. Inżynier Korzecki popełnia samobójstwo.Do Sosnowca przyjeżdża Joanna. Judym oprowadza ją po fabrykach i osiedlu robotników, które jest siedliskiem nędzy, chorób i zła. Joasia snuje plany przyszłego wspólnego domu, ale doktor Tomasz oświadcza, że muszą się rozstać. Zrozpaczona dziewczyna odchodzi. Powieść kończy obraz rozdartej sosny, symbolizującej cierpienie głównego bohatera.