Na wiadomość o wkroczeniu Armii Czerwonej na Kresy Wschodnie w nocy z 17 na 18 IX 1939 prezydent, rząd i Naczelny Wódz przekroczyli
granicę rumuńską. Wbrew poprzednim obietnicom zostali internowani, bowiem Rumunia nie chciała ryzykować konfliktu z ZSRR i Niemcami. Internowanie to było na rękę Francji, która nie chciała współpracować z polskim rządem sanacyjnym i wolała doprowadzić do powstania nowych władz polskich. Zgodnie z konstytucyjnym prawem prezydent Mościcki wyznaczył na swego następcę Władysława Raczkiewicza. 30 IX 1939 Raczkiewicz objął urząd prezydenta i powołał rząd polski na uchodźstwie z Sikorskim jako premierem. Bazą polityczną dla tego
rządu były partie antysanacyjne: Stronnictwo Narodowe, Stronnictwo Pracy, Stronnictwo Ludowe i PPS. W skład gabinetu koalicyjnego weszli też niektórzy przedstawiciele sanacji. 18 XII 1939 ogłoszona została deklaracja rządu
polskiego. Głównym zadaniem rządu miało być wyzwolenie kraju spod okupacji przez udział Polski w wojnie mającej zapewnić jej w przyszłości bezpieczne granice i szeroki dostęp do morza. Celem rządu było też stworzenie federacji państw słowiańskich Środkowej i Wschodniej Europy, zdolnej odeprzeć parcie Niemiec na wschód i oddzielić Niemcy od ZSRR. Przyszła Polska miała być państwem demokratycznym. Sojusznikami tego rządu były Francja i Wielka Brytania. Program rządu był dość ogólnikowy, zyskał jednak poparcie prawie wszystkich sił na emigracji. Działalność rządu opierała się na zasadach konstytucji kwietniowej z tą różnicą, że Raczkiewicz postanowił korzystać z szerokich uprawnień prezydenta tylko przy ścisłej współpracy z premierem. Organem doradczym prezydenta była 23-osobowa Rada Narodowa, której przewodniczył Ignacy Paderewski. W-ce przewodniczącymi byli: Stanisław Mikołajczyk z SL, Tadeusz Bielecki z SN i Herman Lieberman z PPS. Po śmierci Paderewskiego w 1941 Radzie Narodowej przewodniczył Stanisław Grabski.
Rząd emigracyjny zajął się organizacją Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie. Do Francji przybyło wtedy wielu polskich żołnierzy, zgłaszali się też ochotnicy z armii francuskiej. 7 XI gen. Sikorski został mianowany Naczelnym Wodzem i Generalnym Inspektorem PSZ, jednocześnie nadal był premierem i ministrem spraw wojskowych.
Powstanie rządu polskiego i sił zbrojnych na emigracji miało wielkie znaczenie moralne i polityczne. Jednak pozycja rządu była słaba. Anglia i Francja dążyły wprawdzie do wskrzeszenia państwa polskiego, jednak traktowały Polskę jako sojusznika słabego. Poważnym wsparciem moralnym dla Polaków było uznanie emigracyjnego rządu przez USA w dniu 2 X 1939.
Sytuację rządu polskiego zmieniła klęska Francji. Wtedy to głównym sojusznikiem Polski została Wielka Brytania. W połowie VI 1940 rząd brytyjski zaprosił władze polskie do Londynu. Churchill zapewniał jednocześnie Sikorskiego, że Anglia będzie walczyć do samego końca. W porozumieniu z rządem brytyjskim odtworzone zostały PSZ, które podlegały naczelnemu dowództwu polskiemu, zaś operacyjnie – brytyjskiemu.
Po klęsce Francji opozycja usiłowała podważyć władzę Sikorskiego, jednak za Sikorskim opowiedziało się wojsko i Churchill. W Anglii emigracja polska organizowała swe życie – zaczęły działać partie, pokazała się prasa polska. Na pozycji rządu Sikorskiego bardzo negatywnie odbiło się ochłodzenie stosunków polsko-radzieckich w związku z armią gen. Andersa i jej ewakuacją na Bliski Wschód. Po ujawnieniu zbrodni katyńskiej i zerwaniu przez ZSRR stosunków z rządem londyńskim, wzmogła się na emigracji opozycja przeciw Sikorskiemu. Obwiniano go o ustępliwość wobec ZSRR i nieudolną politykę wschodnią. Wokół Armii Polskiej i gen. Andersa skupiła się opozycja. Była to przede wszystkim grupa dawnych działaczy sanacyjnych – byli oni gotowi nawet do podjęcia buntu przeciwko Sikorskiemu. Sikorski, zaniepokojony tym faktem, udał się w połowie maja 1943 na inspekcję wojska na Bliski Wschód. Udało mu się załagodzić napięcia, jednak w drodze powrotnej zginął w katastrofie lotniczej. Katastrofa w Gibraltarze (4 VII 1943) do dziś pozostała niewyjaśniona.
Po śmierci Sikorskiego prezydent Raczkiewicz powołał na urząd premiera Stanisława Mikołajczyka z SL. Nowym ministrem spraw zagranicznych zzostał Tadeusz Romer, zaś ministrem obrony narodowej – Marian Kukiel. Stanowisko Naczelnego Wodza objął gen. Kazimierz Sosnkowski. Mikołajczyk był premierem do XI 1944. starał się on uzyskać porozumienie z ZSRR w sprawie polskiej granicy wschodniej jak i z PKWN w sprawie przyszłości ustrojowej państwa polskiego. Gdy dowiedział się, że decyzje w sprawie polskiej zapadły już wcześniej w czasie konferencji w Teheranie, podał się do dymisji. Po nim premierem rządu został Tomasz Arciszewski. W skład jego rządu weszli przedstawiciele PPS, Stronnictwa Narodowego, Stronnictwa Pracy oraz jeden członek bezpartyjny. Arciszewski uważał, że sprawy sporne z ZSRR można wyjaśnić, warunkiem jest nawiązanie stosunków dyplomatycznych. W sprawie granicy zachodniej domagał się zwrotu tych ziem, które znalazły się pod władzą niemiecką, a etnicznie i historycznie są polskie. Do rządu Arciszewskiego bardzo nieufnie odnosiła się Wielka Brytania. Sam Arciszewski potępił decyzje podjęte przez mocarstwa w trakcie konferencji jałtańskiej. W związku z powstaniem 28 VI 1945 w Warszawie Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, wydał komunikat, w którym określał TRJN jako twór samozwańczy. Po powołaniu TRJN Anglia i Francja wycofały swe poparcie dla rządu londyńskiego.